У генетичній лабораторії Meld можна використовувати, щоб надати своїм солдатам надлюдські здібності за допомогою Gene Mods. У лабораторії кібернетики Meld можна використовувати для перетворення ваших солдатів на солдат MEC і для створення MEC для використання в бою.
Командир контролює всі аспекти XCOM, включаючи стратегічне планування, управління солдатами, логістику, будівництво, модернізацію та дослідження. Командувач особисто наказує солдатам на виконання тактико-бойових завдань.
Вчені допомагають скоротити час дослідження, тому зберіть якомога більше, щоб випередити інопланетну загрозу. Досвід з перших рук: вчені справді впораються, скорочуючи тривалий час дослідження. Це може кардинально змінити ситуацію, коли вам потрібна нова технологія!
Гра закінчується після виконання останньої місії.
Якщо принаймні вісім держав Ради вийдуть із проекту XCOM, гра закінчується поразкою.
Командор спочатку вважав Тінь Їжака своїм ворогом, як командир звинуватив Тінь у смерті його сім'ї та Марії п'ятдесят років тому під час G.U.N. рейд на Космічну колонію ARK. Під час вторгнення Чорної зброї на землю він наказав своїм військам убити Тінь.
Пошкодження командира є альтернативна умова виграшу в EDH. Кожна колода Commander (EDH) має одну легендарну істоту як командира. Кожен гравець у матчі EDH починає з 40 очками життя, і вони програють, якщо життя закінчиться. Однак гравці також можуть померти, якщо отримають 21 одиницю шкоди безпосередньо від командира гравця.