подруга військового кореспондента Бута, Ханна Берлі, повертається до Вашингтона, округ Колумбія, і Бреннан переоцінює свої стосунки з ним після того, як розуміє, що він щиро щасливий із Ханною.
Команда Джефферсона працює над випадком, коли тіло жертви було знайдено на полі для пейнтболу, але пізніше дізнається від чоловіка жертви, що вона страждала від амнезії. Тим часом, Бреннан і Бут пристосовуються до нового життя пари, яка живе разом, і мають справу з вагітністю Бреннан.
У передостанній серії 6 сезону Бут і Бреннан займаються сексом, завершуючи свої стосунки, і в останні кілька моментів фіналу сезону з’ясовується, що в результаті Бреннан завагітніла, а Бут став батьком.
Боунс і Бут, головні герої телешоу «Кістки», романтично зустрічаються в шостому сезоні, зокрема в епізоді під назвою «Діра в серці», що є 22-ю серією того сезону.
І поки зірка Емілі Дешанель і її альтер-его Темперанс Бреннан були вагітні в першій половині сезону, єдиним епізодом, записаним після народження у вересні сина Дешанель Генрі, було народження вигаданої дитини.