Після того, як Ямато та його команда схопили Сая, Кабуто врятував його лише для Сай зрадити і захопити його. Однак пізніше він утік і залишив с
і Саске.
Проте його причина була шпигувати за Саске та збирати інформацію про нього, щоб передати Орочімару. Після вторгнення Sand-Sound Village у Hidden Leaf Village Кабуто подорожує з Орочімару, щоб знайти Цунаде, щоб вона могла допомогти Орочімару відновити його зброю та відновити свій план знищення села.
Пізніше Саске, вбивши Орочімару, запалює вогонь у Кабуто. Подолання та прийняття свого зв’язку з Орочімару шляхом прямого прищеплення свого колишнього господаря до його тіла дає Kabuto небезпечне оновлення. Кабуто стає величезною силою ціною своєї людяності.
Після реанімації Кабуто Якуші під час війни, Ітачі був одним із двох людей, які зламали дзюцу. Він зміг перемогти Кабуто в бою і навіть змусив його скасувати Едо Тенсей. Знову Ітачі зробив це, не приписуючи собі жодної заслуги, і, як завжди, врятував світ від тіні.
Він допомагав союзним силам Шинобі під час Четвертої Великої війни ніндзя, використовуючи свої медичні навички. Кабуто зіткнувся з наслідками своїх дій через гендзюцу Ітачі, що призвело до прийняття та примирення.
Після того, як його спіймали на місці проведення неетичних експериментів над своїми співгромадянами заради цього безсмертя, Орочімару втік із Конохи, щоб не зазнати переслідувань за свої амбіції, і протягом багатьох років прагнув знищення села, щоб помститися та продемонструвати те, чого він навчився.