Неочікувані або численні смуги, які ви відчуваєте в результатах ПЛР, швидше за все, є результатом неспецифічного зв'язування або утворення праймера-димера.25 листопада 2020 р
ви проводите реакцію без шаблонного негативного контролю. Кілька смуг можуть бути результатом забруднення, перевірити чистоту ДНК. Збільште час відпалу, якщо неспецифічні продукти менші за цільовий. Якщо вони довші, ніж ви плануєте, зменшіть час відпалу.
Популярні відповіді (1) Спочатку перевірте своє програмування для кожного кроку циклу ПЛР, оскільки слабкі смуги з’являються з кількох причин, наприклад недостатня кількість ваших циклів, малий час подовження, малий час відпалу, підвищена температура відпалу, знижена температура денатурації, високий або низький час денатурації.
Щоб виправити це, ви можете спробувати підвищення температури відпалу, збільшення концентрації MgCl2 або зменшення концентрації праймера. Занадто багато циклів ПЛР (понад 30) також потенційно можуть спричинити наявність кількох смуг через збільшення ймовірності помилки з кожним циклом.
Надто довгий час продовження може призвести до розмазування. Загальна рекомендація щодо часу подовження для цього ферменту становить 10–20 с/кб. Якщо результат ПЛР низький, спробуйте збільшити кількість циклів на 5.
Це може виникнути внаслідок багатьох факторів. Спробуйте перевірити різні температури відпалу, змініть концентрацію MgCl2 і знову перевірте, чи праймери дуже специфічні для бажаних місць. Це також може статися через низьку якість ДНК. Якщо ви використовуєте розрізану ДНК, ви також отримаєте неспецифічні смуги.