Онтологічний натуралізм часто називають «метафізичним натуралізмом», поглядом на те, що надприродного не існує, що тягне за собою сильний атеїзм. Тоді як Методологічний натуралізм — це більш обмежений погляд на те, що надприродне не може або не повинно використовуватися в наукових методах .
Відповідно до постулату методологічного натуралізму природний світ, включаючи людей, пояснюється в науці лише за допомогою понять, що стосуються об'єктів і процесів, що відбуваються в природному причинно-наслідковому порядку..
Існує багато типів натуралізмів, зокрема: онтологічний натуралізм, який стверджує, що реальність не містить жодних надприродних сутностей; методологічний натуралізм, який вважає, що філософське дослідження має узгоджуватися з науковим методом; і моральний натуралізм, який зазвичай стверджує, що існують моральні факти і…
Натуралізм все ж це дуже нагадувало реалізм між Між двома напрямками були відмінності. Реалізм зображував ймовірні сцени, відомі людям із повсякденного життя. Натуралісти пішли далі – вони вимагали точного відображення конкретних ситуацій, подій і стихій світу.
Тому методологічний натуралізм не висуває явних тверджень щодо метафізики. Метафізичний натуралізм, з іншого боку, є метафізичною тезою про види сутностей, які насправді існують у світі, і тягне за собою твердження про те, що не існує Бога чи будь-якої істоти, подібної до Нього.