Коли ви граєте через
кілька разів, є невеликий шанс, що ви зможете активувати секретну місію. У цій місії ви відправляєтеся на острів, де немає диких покемонів.
Щоб створити секретну базу, ви повинні спочатку навчити Pokemon TM94 Secret Power. Цю технічну машину надасть вам чоловік на ім’я Аарун на дорозі 111. Щоразу, коли ви натрапите на велике дерево, невелику дірку в стіні чи купу трави, взаємодійте з цими секретними місцями, щоб створити базу.
Пошук прихованих покемонів DexNav — це червоний квадрат із покеболом і Пікачу на нижньому екрані. Проходячи поблизу місць, де є дикі покемони, спостерігайте за нижнім екраном. Коли поблизу буде прихований покемон, на екрані з’явиться збільшувальне скло. Торкніться його, і з’явиться ціль.
Щоб розблокувати Secret Super Training, потрібно спочатку повністю розподілити всі 510 значень зусиль для будь-якого конкретного покемона. Після цього натисніть миготливу кнопку у верхньому лівому куті нижнього екрана, щоб отримати повідомлення. Увійдіть до режимів супертренувань, щоб знайти нові секретні режими супертренувань.
Ааруне (яп. ギリー Girī) — неігровий персонаж у Pokémon Omega Ruby та Alpha Sapphire. Він експерт із надсекретних баз. Він є єдиним персонажем в іграх, який має клас тренера «Експерт з секретної бази» (яп. ひみつきちマスター Майстер секретної бази).
Коли ви проходите демо кілька разів, є невеликий шанс, що ви зможете активувати секретну місію. У цій місії є ви поїхати на острів, де немає диких покемонів. На цьому острові ви зіткнетеся з командою Aqua або Team Magma і повинні об’єднатися з Мей. Команда, з якою ви зіткнетеся, випадкова.