Які проблеми з секвенуванням Illumina?

Секвенування Ilumina може зайняти багато часу, щоб створити дані послідовності; Ще один недолік полягає в тому, що немає доступу до даних у реальному часі; користувачі повинні дочекатися завершення процесу секвенування, перш ніж вони зможуть почати аналіз.

Секвенування Ilumina може зайняти багато часу, щоб створити дані послідовності; Ще один недолік полягає в тому, що немає доступу до даних у реальному часі; користувачі повинні дочекатися завершення процесу секвенування, перш ніж вони зможуть почати аналіз.

Загалом, помилки типу заміни є основним джерелом помилок для секвенування Illumina (3). Більшість попередніх досліджень специфічних помилок Illumina були зосереджені на аналізаторі генома (GAII) і HiSeq 2000 (4–6).

Хоча багато аспектів секвенування було покращено порівняно з секвенуванням Сенгера, низька точність і коротка довжина зчитування послідовності продовжують бути проблеми. Платформи NGS зазвичай не можна використовувати для виявлення рідкісних варіантів через пов’язану з ними високу частоту помилок.

Оцінка якості 20 (Q20) означає частоту помилок 1 зі 100 (це означає, що кожні 100 bp секвенування зчитування може містити помилку), з відповідною точністю виклику 99%. Коли якість секвенування досягає Q30, практично всі зчитування будуть ідеальними, без помилок чи неоднозначностей.

Існують різні обмеження illumina. Одне головне обмеження чутливість завантаження зразка. Перевантаження платформи секвенування занадто великою кількістю ДНК може призвести до таких проблем, як перекриття кластерів і зниження якості секвенування. Отже, загальний рівень помилок цієї технології секвенування становить приблизно 1%.

Розподіл частоти помилок для кожної платформи