1. Довжина праймера: Загальновизнано, що оптимальна довжина праймерів ПЛР є 18-22 п.н. Ця довжина є достатньо довгою для адекватної специфічності та достатньо короткою для того, щоб праймери легко зв’язувалися з матрицею при температурі відпалу.
ПЛР-праймер. Поради щодо дизайну
- Прагніть до того, щоб вміст GC був між 40 і 60%, а 3' праймера закінчується на G або C для сприяння зв’язуванню. …
- Хороша довжина праймерів ПЛР зазвичай становить близько 18-30 основ. …
- Спробуйте зробити температуру плавлення (Tm) праймерів між 65°C і 75°C і в межах 5°C одна від одної.
Олігонуклеотидні праймери необхідні при проведенні реакції ПЛР. Необхідно створити праймери, які є комплементарними до матричної ділянки ДНК. Вони синтезуються хімічним шляхом шляхом з’єднання нуклеотидів.
Цей метод, єдиний специфічний праймер-ПЛР (SSP-ПЛР), дозволяє ампліфікувати гени, для яких доступна лише часткова інформація про послідовність, і дозволяє односпрямоване переміщення геному з відомих у невідомі ділянки хромосоми.
Використовуються два праймери, по одному для кожного з комплементарних одиничних ланцюгів ДНК, що вивільняються під час денатурації. Прямий праймер приєднується до стартового кодону матричної ДНК (антисмисловий ланцюг), тоді як зворотний праймер приєднується до стоп-кодону комплементарного ланцюга ДНК (смисловий ланцюг).