На відміну від гелів з фіксованою концентрацією, градієнтні гелі складаються з діапазоном концентрацій поліакриламіду, де безперервний градієнт починається з нижчої концентрації та закінчується вищою концентрацією (рис. 1). 14 травня 2020 р
Градієнтні гелі розділяють ширший спектр білків, ніж гель із постійним відсотком.
Градієнтні гелі дозволяють розділити як високо-, так і низькомолекулярні смуги на одному гелі. Більший розмір пор у верхній частині гелю дозволяє розділяти більші молекули, тоді як розміри пор, які зменшуються до нижньої частини гелю, обмежують надмірне відділення малих молекул.
Головною перевагою DGGE є його чутливість, яка може виявити практично всі мутації в даному фрагменті ДНК. Через це його часто використовують у генетичному скринінгу. Як правило, використовуються денатуранти – це нагрівання (постійна температура 60°C) і фіксоване співвідношення формаміду (0–40%) і сечовини (0–7 М).
Це можливо точно підібрати розмір пор гелю, наприклад, шляхом приготування градієнтних гелів, де концентрація акриламіду може змінюватися від 5% до 20% в тому самому гелі, що робить можливим розділення суміші молекул із дуже різними значеннями молекулярної маси.
Зауважте, що гелі з фіксованою концентрацією використовують гель для накопичення, щоб сконцентрувати білки в чіткішу смугу перед поділом у гелі з вищою концентрацією. Це непотрібно в градієнтних гелях, які використовують переваги градієнта для досягнення чіткої роздільної здатності білкових смуг.